单菌重测序
基因组重测序，即对已有参考基因组物种的不同个体进行基因组测序，通过生物信息分析方法，比较不同个体/群体基因组间基因拷贝数(CNV)、单核苷酸多态性位点(SNPs)、插入/缺失(Indel)等变异类型、以及Ka/Ks进化压力分析、系统发育树构建等。
测序平台与策略
产品 | 测序平台 | 测序策略 | 测序深度 |
细菌重测序 | Illumina PE150 | 350bp小片段文库 | ≥100 X |
真菌重测序 | Illumina PE150 | 350bp小片段文库 | ≥30 X |
技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示
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| 生物信息分析流程 |
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| 共线性分析 | 比对点阵图（共线性分析，较常用于复杂基因组） | 基因Ka/Ks分布情况 |
应用领域
基因组重测序是对已知的基因组进行测序，并对个体或者群体样品进行分析的研究。细菌/真菌重测序可以分析近源菌种之间的单核苷酸多态性（SNP）、插入（Insertion）、缺失（Deletion）等基因组变异类型，检测基因序列间的位点差异和结构变异，在全基因组水平上解释导致性状差异的原因，进而可以为筛查菌株的优良性状、菌株抗药性等研究提供指导与依据。