单菌基因组De novo测序
基因组De novo测序，也叫从头测序，即对未知基因组序列或无近源物种基因组信息的某个物种的基因组DNA片段及其文库进行测序，然后用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，并对其进行结构和功能研究，尽可能地获得该物种的基因组序列图谱，从而推动该物种的后续研究。
真核（真菌）和原核生物（细菌）基因组结构存在较大差异，组装方式和注释数据库有所不同，将单菌全基因组测序分为细菌基因组测序和真菌基因组测序；依据研究目标的精细程度，对于细菌我们提供细菌框架图和细菌完成图两种不同的解决方案，对于真菌我们提供真菌survey、真菌框架图和真菌精细图三种不同层次的解决方案。
测序平台与策略
产品 | 测序平台 | 测序策略 | 组装指标 |
细菌框架图 | Illumina PE150 | 500 bp小片段文库 ≥100 X | 承诺测序深度 |
细菌完成图 | PacBio | SMRT文库 ≥100 X | 1 contig, 0 Gap |
真菌survey | Illumina PE150 | 500 bp小片段文库 ≥100 X | 承诺测序深度 |
真菌框架图 | Illumina PE150 | 500 bp小片段文库 ≥100 X | 承诺测序深度 |
真菌精细图 | PacBio | SMRT文库 ≥70 X | 基因组<100Mb且杂合度<0.8%，我们承诺Contig N50>1Mb |
技术路线
生物信息分析流程及部分结果展示
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细菌基因组De novo测序生物信息分析流程
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真菌基因组De novo测序生物信息分析流程
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| COG数据库注释功能分类图 | 次级代谢产物合成基因簇注释 |
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| 共线性分析 | 基因组圈图构建 |
应用领域
细菌基因组De novo测序
细菌基因组De novo测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制，关键功能基因的重要工具，可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制；在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面，可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等；在研究细菌进化方面，可以研究种内进化关系。
真菌基因组De novo测序
在植物致病性真菌研究方面，可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因，并可用于研究与其近缘物种的进化关系，比较基因组研究等；在食用真菌和药用真菌的研究方面，可以用于发现真菌复杂的代谢途径，鉴定其对人有益的代谢产物，及物种进化关系的研究，比较基因组等；另外还可应用于生物防治真菌的研究，工业酵母菌的研究等。